在Flame恶意程序上周曝光之后，幕后攻击者立即关闭了80多个命令控制服务器。服务器域名是采用化名注册，每个化名最多注册4个域名。上传到服务器的数据包括了计算机辅助软件绘制图纸、电子邮件和PDF文档。
域名最早注册时间是在2008年，使用至少22个不同IP地址，服务器运行Ubuntu Linux发行版。卡巴斯基与GoDaddy和OpenDNS合作，将域名重定向到其控制的服务器上，收集到了恶意程序上传的数据。
安全研究人员发现，Flame和Duqu有许多共同特征，都对受感染机器上的AutoCAD绘图文件感兴趣。为了限制窃取的文件数量和避免上传无关的文件，Flame会从PDF、电子表格和Word文档中提取1KB样本，压缩和上传样本到命令控制服务器，然后攻击者发出指令抓取他们感兴趣的特定文档。与Duqu不同之处是，Duqu会利用SSH端口转发伪装攻击者的真实身份，而Flame则是直接上传到服务器，换句话说，它的幕后攻击者没有Duqu的操作者谨慎。